「星に願いを ナギに祝福を──」

ノスタルジックな雰囲気に包まれた港町、渚沙町（なぎさちょう）。
空には、この町でしか見えない星──ナギが灯っている。
ナギを守り星として崇める住民たちは、毎年12月になると星夜祭（せいやさい）を催していた。

外の街から引っ越してきた主人公は、ナギに対してはあまり関心がない。
星夜祭のためになにかやろうという気もなく、それよりも新しい生活に馴染むほうが大切だった。
病弱の妹とのふたり暮らしは、最初のうちは苦労の連続。それでも、町のきれいな空気に触れることで、妹の体調は徐々に回復に向かっていく。
転入生である主人公もまた、新しい学校で友だちができたりと、田舎町の生活に慣れていった。

両親がいなくとも、不自由することのない生活。
だけどひとつだけ、自由にできないことがあった。
それは、ナギの存在を町の外に知らせてはいけないという、奇妙な掟だった。

そんなある日のこと。
主人公はナギと同じ名を持つ少女──凪（なぎ）と、不思議な出会いを果たすことになるのだった。