人類が宇宙に移民を始めてから数百年。広がり過ぎた人類はそれぞれの思惑や利権を生み、戦艦やロボットを使用した宇宙間での戦争を始めてしまう。
主人公は軍に所属するしがない整備兵。かつて優秀なテストパイロットであったが、事故により転属を余儀なくされてしまう。
軍を辞める事もできず惰性で過ごす日々だったが、偵察とテスト機のデータ集めを主とする、新設の部隊――戦艦へと配属される。
だがロボットのメンテナンス中、その部隊に隠された秘密を偶然にも知ってしまう。
怒りに震える主人公。そして目の前のモニターに浮かび上がる文字。
『実行させたい内容を入力して下さい』
それが、今後の主人公の命運を大きく変えた――